Los restos yacen sumergidos bajo el agua al fondo de un barranco que bordea el yacimiento arqueológico de La Isabella, la primera ciudad fundada por Colón en América en enero de 1494 al norte de lo que hoy es República Dominicana, en la Isla La Española, descubierta durante el primer viaje al Nuevo Mundo en 1492. El resto de la estructura dos rectángulos perpendiculares de piedra que forman los cimientos de la casa, se encuentran en peligro de desaparecer en los próximos años. Están protegidos por un techo artesanal de paja, sin embargo las amenazas son el salitre, las humedades ambientales muy altas, atmósferas muy salinas por arrastre de partículas de agua de mar, precipitaciones de alta intensidad y ahora los vientos huracanados.
El Centro de Bienes Culturales de República Dominicana asegura que habría que construir un edificio que encierre las ruinas y las provea de un ambiente adecuado para su conservación.
La casa de Colón tenía en su origen dos plantas y una torre que sumaban unos 80 metros cuadrados de vivienda, cubierta por un tejado de dos aguas y rodeada por una cerca de piedra. Fue construída muy cerca del mar a unos cientos de metros de una playa, punto de embarque de las naves que formaban la expedición.
Colón habitó esta casa entre enero y febrero de 1494 y hasta mayo de 1496, cuando emprendió el viaje de retorno a España.
A su regreso a la Isla Española, en 1498, su hermano Bartolomé ya había fundado Santo Domingo, por lo que Colón nunca regresó a La Isabella.
La construcción estuvo abandonada durante siglos hasta que a iniciativa del Presidente dominicano Joaquín Balaguer, con la colaboración del Instituto de Cultura Hispánica, se intentó una recuperación. Posteriormente con motivo del quinto centenario del Descubrimiento, fueron mejorados los accesos al recinto y se construyó un pequeño museo que alberga objetos hallados en el yacimiento, como utensilios y monedas castellanas de finales del siglo XV, pertenecientes a los reinados de Enrique IV y su hermanastra Isabel.
Pero en las últimas dos décadas apenas se han emprendido iniciativas para el mantenimiento y los trabajadores se lamentan de falta de personal y de recursos.